这次西部开发不同于以往的最大特点，就是在开发的同时必须搞好生态环境的保护和建设。这包含着对生态环境价值的深刻理解和认识，也包含着破坏生态环境恶果的惨痛历史教训。在开发之初，深刻认识西部环境特性，在全面认识的基础上，确定正确的西部生态环境保护与建设原则，对避免开发中产生新的环境破坏，再造山川秀美的新西部将是至关重要的。
一、西部面积辽阔，生态多样，千差万别，各具特色。因地制宜，区别对待是西部生态环境保护建设必须坚持的基本原则之一。
西部包括陕、甘、宁、青、新、云、贵、川、藏、重庆十个省区市，约占国土面积的52%，人口的23%。如果加上内蒙、广西，则占国土面积68%，人口的25%。这里有世界最高的高原——青藏高原，有世界最高的山峰——珠穆朗玛峰，有世界最大的峡谷——雅鲁藏布大峡谷；有从热带雨林到高寒山地的各种植被；有高山峡谷、冰川雪原、荒原沙漠的各种自然景观；有多种此处独有的珍稀奇特物种。西部各地不仅地貌形态、自然景观各不相同，社会经济开发程度也大相径庭，存在的问题也不尽相同。因此，在西部生态环境保护建设中必须因地制宜，区别对待，分清主次，择要而从，以便集中有限的财力，在有限的时间内，达到一定的目标，产生出预期的效益。这既是国力所要求，也是经济规律所要求。
由于西部面积辽阔，交通不便，目前绝大部分地区尚缺乏开发的条件和适宜的开发方式。因此，对于一些重要的、敏感的区域必须设立生态环境保护区，实施抢救性保护或强制性保护，如对具有生物多样性资源的地区、江河源头区，以及其它具有重大科学价值或对全局有重大影响的地区；对一些目前生态环境比较好的地区，可以建立一批以生态环境保护和建设为主要目标的生态特别县，以发挥其生态功能，作为构成重建山川秀美的基础；对于矿产资源丰富，且具有开发条件的地区划定矿产资源开发区，同时开征资源开发生态恢复补偿费，使之在开发的同时搞好生态环境的恢复和建设；建立水资源费和水资源保护节约奖励费制度，以促进节水社会的形成。
二、西部生态环境脆弱，初级生产力低下，目前尚不能容纳较多的人群，必须坚决杜绝盲目的移民开发，坚持开发与保护并重，保护优先的原则。
我国西部处于平均高程800-2000米和2000-4000多米的两大台阶及其衔接区，属于生态环境脆弱带任(Eeotone)，有生物多样性丰富的特点，也有抗干扰能力差、破坏后难于恢复的弱点，也是我国环境灾难，如地震、山崩、滑坡、泥石流、水土流失、霜冻、冰雹、大风、干旱、洪水、雪崩、冻土、森林火灾以及病虫鼠害等最严重的地区。除了少数小块地区之外，大部分土地农业生产潜力在50公斤/亩以下，仅相当东南沿海平原地区的六十分之一。由于自然生产力低下，目前环境人口容量很小。黄土高原区每平方公里以7-8人为宜，西部荒漠草原每平方公里的土地承载力不会超过2-3人。因此，必须坚决反对大量人群的盲目流入。中外开发历史证明，单靠移民开发没有成功的。日本从明治维新第2年(1869年)开始北海道的移民开发，直到1995年北海道仍然是日本最落后的地区。巴西为了开发中西部，不惜将首都从海滨城市里约热内卢迁之内地巴西利亚，并以纵贯全国的公路带动城镇进行移民开发，结果也是失败的。中国从明清就开始在西部边疆屯垦戍边，开发建设达数百年之久，而西部落后依旧。从生态学的观点看，西部无论是瑰丽多姿的热带风光，还是苍凉悲壮大漠风情，都是亿万年来自然神奇造化之工赐予人类的财富。它们将以其稀有性、濒危性、特异性而身价与日俱增，并将越来越受到人们的重视，其经济前景也是必然的。从发展的观点看，稀有、濒危、特异的环境资源，将随着时间的推移日见稀缺，对它们的争夺也日益激烈，特别是生物工程学科的发展与领头地位的确定，生物资源在未来国际竞争中将起举足轻重的作用。因此，相对落后地区的发展一定要优先考虑稀有、濒危、特异经济资源的保护。反对急功近利，立足长远，坚持开发与保护并重，保护优先的原则对脆弱的西部环境尤为重要。对生态环境异常脆弱的地区来说，情况不清，没有把握时，维持现状是最好的保护。西部一些脆弱的生态环境至今未被破坏，人口少以及人类活动少是重要原因。
三、坚持开发保护，保护为开发的总原则，摒弃旧的落后的传统作法，代之以高技术为支撑，市场经济为导向的西部生态环境保护建设的新思路。
在近五千年的人类文明史中，发展的不平衡现象始终存在。不平衡现象不仅显示在不同的地区，也显示在同一地区的不同历史发展阶段，说明自然环境与时代的主体经济形式和主体经济要素之间有着某种适应。
据有关方面研究，中国各地的猿人与智人的栖息地均具有明显的围合特征和地带交错的边缘特征，以适应他们微弱的生活能力和生产水平。农业文明往往发生在大江大河的平原流域，和农业文明同时的牧业文明则都发生在北部草原。到了商品时代，繁荣首先在城市和港口出现。工业革命之后，体现技术的工业、城市、交通、市场等因素成了工业经济发展的基础，于是经济发达的地区也由内陆平原向沿海、沿江、沿边地区转移。中国改革开放以来，东西部地区也由内陆平原向沿海、沿江、沿边地区转移。中国改革开放以来，东西部的贫富逆转，差距日大，就是经济形式对地域环境选择的最好例证。经历了农业、工业时代以后仍然落后的西部，向我们只说明一个问题：西部开发与保护必须摒弃不适合新时代主体经济的旧的、落后的传统作法。
辩证法告诉我们：任何事物都具有两重性。强与弱，优与劣都是相对的，也是可以转化的。譬如西部沙漠地区，从生态的观点看，沙漠是最不适合生产存在的地区，因为没有水，但是沙漠地区并不缺少生命所必须的光和热，缺少的仅仅是水。如果通过高技术解决了生命所需要的水，由于没有污染，沙漠将会变成生产力最高的绿色产业基地。
再如荒漠草原。“大漠孤烟直，长河落日圆”，这脍炙人口的千古绝唱唱出了西部苍凉悲壮的荒凉美，也唱出了荒凉的价值。荒凉也有价值，特别是当人们整天生活在越来越多的人工建筑和人工生态环境中，人们越来越渴望返璞归真，回归大自然的今天和明天，当荒凉越来越少的时候，建设一批具有独特景观价值，适宜旅游开发的景点群，也是对西部生态环境的一种保护方式。一言蔽之，西部开发与保护必须有新的思路，新思路必须体现高技术为支撑，市场经济为导向的新时代经济特征。
四、西部环境问题复杂，研究工作薄弱，应遵循认识——实践——再认识——再实践的马列主义原则，坚持科技导向，认识先行，认识不清的决不盲目蛮干的原则。
现代环境问题可以追溯到工业革命，但真正意义的环境科学却只诞生在20世纪中期。环境问题的复杂性，人类行为影响环境变化响应的滞后性，从而导致人类认识滞后的重要原因之一，加上急于发展的功利思想，更增加了环境保护的困难性。例如本世纪50年代人们已经观察到大气臭氧减少，70年代大气臭氧减少加快，科学家提出了人工合成卤代烷烃破坏臭氧层的问题，直到80年代中期才有第一次保护臭氧层的国际协议。今天，臭氧层破坏已成为不争的事实，有些结果比人们预料的还要严重得多，保护臭氧层决策的正确性也毋庸置疑。但在采取一致行动方面，由于各自利益的关系，仍然存在不少困难。一个正确的认识及其决策尚且如此，错误的认识和盲目的决策，其后果可想而知。
譬如黄河泥沙问题。自先秦以来黄河就有“三年两决口，百年一改道”的记载，黄河成了中华民族的心腹之患。治理黄河泥沙也形成了分疏论、改道论、束水攻沙论、旅淤固堤论、蓄清刷黄论等多种学派，反映了中华民族在治理黄河泥沙方面的努力。风化剥蚀，自然常态，水流搬运，自然规律。正因为如此，河口浅海才成了生态资源最丰富、人群最集中、经济最发达的地区。如果降雨全部拦截，泥沙原地不动，则聚集了全球60%的人口、全球90%的捕鱼量和沉积矿物的海岸海洋带绝对不是现在的样子。这里有一个泥沙拦截度的问题，也有一个上下游的综合平衡问题。
缓慢的渐变是环境特点之一。西部干旱地区的湖泊萎缩、解体、消亡的事例久已有之。但可可西里自然保护区的苟仁错湖，90年代还有23.5平方公里的水面，平均水深1.3米，不到10年竟至完全干涸，却是绝无仅有。如果说近30年来，全国湖泊数量减少了450个，长江流域通江湖泊减少了将近一半与人类的错误行为有关，可这里是人迹罕至的高原荒漠。再如黄河源头玛多县4000多个湖泊，在不到50年的时间里消失了1000多个，这里也是人迹罕至的高原荒漠。凡此等等，类似的例子还很多。西部环境问题的复杂性，于此可见一斑。西部生态的脆弱性，环境的恶劣性，问题的复杂性，开发困难性。以往认识上的不足，以及适宜知识经济时代开发与保护方式的探索，环境经济协调途径的寻求，西部不同地域单元特殊性问题的特殊处理方法等等都需要加强科学研究。加之西部地区科学研究工作薄弱，更应坚持科技导向。认识先行，认识不清的决不盲目蛮干的原则。