根据《国务院关于加强法治政府建设的意见》(国发〔2019〕33号)和《国务院关于严格控制新设行政许可的通知》(国发〔2019〕39号)要求，农业部对规章进行了全面清理，决定对以下13部规章进行修订。
一、中华人民共和国水生动植物自然保护区管理办法(1997年10月17日农业部令第24号公布、2019年11月26日农业部令2019年第11号修订)
将第十八条修改为：“未经批准，禁止任何人进入水生动植物自然保护区的核心区和一切可能对自然保护区造成破坏的活动。确因科学研究的需要，必须进入核心区从事科学研究观测、调查活动的，应当事先向自然保护区管理机构提交申请和活动计划，并经省级政府渔业行政主管部门批准。”
将第二十条修改为：“在水生动植物自然保护区的实验区开展参观、旅游活动的，由自然保护区管理机构提出方案，报省级政府渔业行政主管部门批准。”
将第二十一条修改为：“外国人进入水生动植物自然保护区的，接待单位应当事先报省级政府渔业行政主管部门批准。”
二、渔业船舶船名规定(1998年3月2日农渔发〔1998〕1号公布，2019年11月8日农业部令第6号、2019年11月26日农业部令2019年第11号修订)
将第五条第一款修改为：“远洋渔业船舶、科研船和教学实习船的船名，由简体汉字或‘简体汉字’和‘数字’依次组成。”
三、中华人民共和国水生野生动物利用特许办法(1999年6月24日农业部令第15号公布，2019年7月1日农业部令第38号、2019年11月26日农业部令2019年第11号修订)
将第四十五条修改为：“外国人在我国境内进行有关水生野生动物科学考察、标本采集、拍摄电影、录像等活动的，应当向水生野生动物所在地省级渔业行政主管部门提出申请。省级渔业行政主管部门应当自申请受理之日起20日内作出是否准予其活动的决定。”
四、渔业捕捞许可管理规定(2019年8月23日农业部令第19号公布，2019年7月1日农业部令第38号、2019年11月8日农业部令第6号修订)
删除第十九条第一款第三项、第四项。
将第二十一条修改为：“除本规定第十九条和第二十条规定的情况外，其他作业的渔业捕捞许可证由县级以上地方政府渔业行政主管部门审批发放，其中海洋大型拖网、围网渔船作业的捕捞许可证，由省级政府渔业行政主管部门审批发放。
“前款规定的捕捞许可证审批发放的具体办法，由省、自治区、直辖市政府制定，送农业部备案。”
五、农业野生植物保护办法(2019年9月6日农业部令第21号公布，2019年7月1日农业部令第38号修订)
将第十五条修改为：“申请采集国家重点保护野生植物，应当填写《国家重点保护野生植物采集申请表》，经采集地县级农业行政主管部门签署审核意见后，向采集地省级农业行政主管部门或其授权的野生植物保护管理机构申请办理采集许可证。
“采集城市园林或风景名胜区内的国家重点保护野生植物，按照《条例》第十六条第三款和前款有关规定办理。”
将第十七条第五款修改为：“省级农业行政主管部门或其授权的野生植物保护管理机构核发采集许可证后，应当向农业部备案。”
将第二十四条第一款修改为：“经省级农业行政主管部门批准进行野外考察的外国人，应当在地方农业行政主管部门有关人员的陪同下，按照规定的时间、区域、路线、植物种类进行考察。”第三款修改为：“外国人野外科学考察结束离境之前，应当向省级农业行政主管部门提交此次科学考察的报告副本。”
六、农作物种子检验员考核管理办法(2019年2月6日农业部令第49号公布)
将第三条修改为：“种子检验员应当具备以下条件，并经省级政府农业行政主管部门考核合格：
“(一)具有农学、生化或者相近专业中等专业技术学校毕业以上文化水平;
“(二)从事种子检验技术工作三年以上。”
将第四条修改为：“检验机构的种子检验员由该机构登记或者注册所在地省级政府农业行政主管部门负责考核管理。”
将第五条修改为：“申请种子检验员资格，应当向省级政府农业行政主管部门(以下简称考核管理机关)提交以下材料：
“(一)种子检验员资格申请表;
“(二)学历证明复印件;
“(三)受聘检验机构出具从事种子检验技术工作年限证明。”
七、农业机械试验鉴定办法(2019年7月26日农业部令第54号公布)
第十条增加一项作为第四项：“申请前三年内，未因违反本办法第二十八条第一、三、四、六项的规定被收回、注销农业机械推广鉴定证书和标志。”
八、草种管理办法(2019年1月12日农业部令第56号公布)
将第三十九条修改为：“草种质量检验机构的草种检验员应当符合下列条件：
“(一)具有相关专业大专以上文化水平或具有中级以上技术职称;
“(二)从事草种检验技术工作3年以上;
“(三)经省级政府草原行政主管部门考核合格。”
九、食用菌菌种管理办法(2019年3月27日农业部令第62号公布)
将第二十七条修改为：“菌种质量检验机构应当配备菌种检验员。菌种检验员应当具备以下条件：
“(一)具有相关专业大专以上文化水平或者具有中级以上专业技术职称;
“(二)从事菌种检验技术工作3年以上;
“(三)经省级政府农业行政主管部门考核合格。”
十、农作物种子质量检验机构考核管理办法(2019年1月2日农业部令第12号公布)
将第四条第二款修改为：“考评小组由3名或者5名考评员组成。考评员应当具有相关专业的高级专业技术职务、从事种子检验工作5年以上。”
将第五条修改为：“农业部的国家农作物种子质量检验中心，负责检验机构能力验证工作。”
将第二十八条修改为：“考评员在考评过程中有徇私作弊、弄虚作假等违反考核纪律行为的，依法给予行政处分，不得再从事考评员工作;构成犯罪的，依法移送司法机关追究刑事责任。”
十一、执业兽医管理办法(2019年11月26日农业部令第18号公布，2019年9月28日农业部令2019年第3号修订)
将第十三条第二款修改为：“执业兽医师资格证书和执业助理兽医师资格证书由省、自治区、直辖市政府兽医主管部门颁发。”
十二、饲料和饲料添加剂生产许可管理办法(2019年5月2日农业部令2019年第3号发布)
将第三条第一款修改为：“饲料和饲料添加剂生产许可证由省级政府饲料管理部门(以下简称省级饲料管理部门)核发。”
将第四条修改为：“农业部设立饲料和饲料添加剂生产许可专家委员会，负责饲料和饲料添加剂生产许可的技术支持工作。
“省级饲料管理部门设立饲料和饲料添加剂生产许可证专家审核委员会，负责本行政区域内饲料和饲料添加剂生产许可的技术评审工作。”
将第七条第一款修改为：“申请设立饲料、饲料添加剂生产企业，申请人应当向生产地省级饲料管理部门提出申请。省级饲料管理部门应当自受理申请之日起 10个工作日内进行书面审查;审查合格的，组织进行现场审核，并根据审核结果在10个工作日内作出是否核发生产许可证的决定。”删除第二、第三款。
将第十一条第二款修改为：“生产许可证有效期满需继续生产的，应当在有效期届满6个月前向省级饲料管理部门提出续展申请，并提交相关材料。”
十三、中华人民共和国渔业船舶登记办法 (2019年10月22日农业部令2019年第8号公布)
将第九条修改为：“渔业船舶只能有一个船名。
“远洋渔业船舶、科研船和教学实习船的船名由申请人在申请渔业船网工具指标时提出，经省级登记机关通过全国海洋渔船动态管理系统查询，无重名、同音且符合规范的，在《渔业船网工具指标申请书》上标注其船名、船籍港。渔业行政主管部门核发的《渔业船网工具指标批准书》应当载明上述船名、船籍港。
“公务船舶的船名按照农业部的规定办理。
“前款规定以外的其他渔业船舶的船名由登记机关按照农业部的统一规定核定。”
删除第十二条第二款。
将第十五条第二款第三项修改为：“渔业船舶检验证书、依法需要取得的渔业船舶船名核定书。”
将第三十四条第一款第三项第一目修改为：“远洋渔业船舶、科研船和教学实习船以外的渔业船舶船名变更的，提交渔业船舶船名核定书。”