对小股东权益保护的问题，有从公司法对股东权保护完善方面探讨的，有从少数股东权在股东大会中行使和保护探讨的等等。但对独立董事制度的根本宗旨即是保护小股东权益方面探讨的不是很多。本文主要采用归纳、比较和实证的方法，在独立董事制度和小股东权效力保护的内在联系方面作一些肤浅的探讨，为独立董事制度的法定化做一些呐喊，也就如何完善独立董事制度以保护小股东权益提一点意见。
笔者认为，在新《公司法》中确立独立董事制度，使该制度法定化，并完善该制度以保护小股东权益具有极其重要的理论和现实意义。大家都知道，一项好的法律制度也是生产力，能促进经济的增长，近一、二百年来，在世界经济的飞速增长中，公司制度起着至关重要的作用。而公司制度的基础是人民投资的热情，故股东特别是小股东的权益是否充分地得到保护关系到人民的投资热情并最终影响到经济繁荣。从国处的经验看，独立董事制度是保护小股东权益的有效手段，在我国特色下，如何引进独立董事制度、如何完善该制度保护小股东权益，以激励人民的投资热情对我国经济的持续健康发展意义重大。
近几十年的现代公司发展中，公司股份日益公众化、社会代、分散化，小股东因其在公司结构中所处的弱势地位，不仅要负担管理层机会主义行为的代理成本，还可能受到处于控制地位的大股东的侵害，保护小股东不受大股东和内部人滥用优势地位的损害是各国公司立法中共同面对的问题。与发达国家现代公司制度的形成更多地表现为自发性制度变迁过程不同，我国建立现代企业制度更多地表现为诱导性甚至强制性制度变迁过程。政府在推动国有企业公司代过程中起到举足轻重的作用。表面上看，公司化改革轰轰烈烈，大批所谓现代公司被“生产”出来。但实际上，这种政府主导的公司化改革不可避免地带来很多先天性的缺陷，表现在股权结构上国有股权一股独大，流通股本所占比重过小且高度分散。在这种股权结构下，大股东利用其控股权选出占董事会绝对多数董事，实际控制了董事会，董事会基本上成为大股东的代理人，股东大会实际上成为大股东会议或大股东控制下的董事会扩大会议，使小股东的权益更容易受到损害。同时，我国公司治理结构的缺陷、监事会的形同虚设、股东权利保护机制的欠缺，对受损害的小股东权益无从救济。因此我国穷尽一切措施，保护小股东权益，更具迫切的现实意义。