粤港澳大湾区存在三个关税区，三套法律、司法体系，三种货币、这与国际上其它湾区有所不同，协同好是优势，协同不好对粤港澳大湾区的发展将存在困难。
规则对接存在的困难主要体现在人流、物流、信息流的融合问题。针对以上困难，建议如下：
1.在大湾区建设的推进过程中，需要有国家更大的政策支持，更强的协调力度，9+2湾区城市政府需要常设更强的组织、人员对接落实国家优势政策及城市之间的协同工作，先行先试，建立与大湾区发展相配套规则与制度，提供符合市场规则、国际惯例和企业需求的制度供给极其重要。
2.出台人才引进政策，建立专门机构为之服务，特别是建立引进鼓励香港青年到湾区创业，到深圳创业的专门服务平台。这样也将有利于一国两制的实施和香港的繁荣稳定发展。
3.习主席指出大湾区的发展关键在于创新。深圳的创新精神和创新能力在全国乃至全世界都走在前列，国家给予深圳先行先试的政策优势应该更好的发辉、例如“深港科技创新合作区”的建设应该在空间规划，功能定位等方面有更大的突破，为湾区建设提供范例。
4.向香港学习，优化现有商事登记体系。香港目前实施的商事登记体系与大陆仍然有所区别，最明显优势在于，在港备案过程中，会明确禁止行为。企业不需因公司经营业务内容变更而频繁走工商登记变更流程。