我国农村土地集体所有制度建立以来，农民的土地财产权利一直没有得到明确界定和有效保护。在现行制度下，农民土地财产权利受损主要来源于土地的国家征用、集体支配和土地关系立法的不完备。建立有效保护农民权益的土地产权制度，既是进一步深化农村改革、探索解决“三农”问题的现实需要，也是理论研究的重大课题。
农地产权制度是保护农民权益的基础性制度
土地是农民最基本的生产要素，土地权利是农民最重要的财产权利。要素资产化、配置市场化是完善市场经济体制的内在要求。在市场经济体制下，土地要素配置、土地资产经营实质上是土地权利的契约化交换，必须建立在产权清晰界定的基础上。农地产权制度是农地所有权、使用权、收益权、处置权等各项权能的设置和划分，是规范农地利用关系的制度体系。作为农村土地关系中重要的利益主体，农民的土地财产权利与农村土地产权制度密切相关，土地权属界定、土地权属转移、土地关系立法等环节都直接影响着农民的权益。农地产权制度的功能就是提供农地产权界定、行使和保护的基本规则，在农民土地财产权利保护中处于基础性地位。
现行农地产权制度的缺陷是农民权利受损的重要制度根源
近年来围绕土地关系产生的利益冲突，根源在于现行农村土地实行“农民集体所有”的制度安排中存在着产权残缺问题。
首先，“农村土地集体所有”导致了权属模糊和权能残缺。集体所有的产权主体包括乡、村、组三个层次和社区自治组织、乡村集体经济组织两种类型。由于这些组织性质模糊和功能异化，农村土地集体所有事实上已经演变成了乡镇政府和村自治组织或村经济组织所有，土地关系中存在明显的权势支配特征；权能残缺则体现在集体作为所有者和农民作为使用者的权能“双重残缺”。
其次，土地权属转移导致农民土地财产权利在两个层次上受损：
（一）土地征用中国家公权对集体和农民土地财产权利的侵害。因为公共利益的需要而设置土地征用权力，是各国通行的做法，问题的关键在于“公共利益”范围的界定是否适当、土地征用的程序是否合法和征地补偿的标准是否合理。我国土地征用制度存在三个突出问题：一是征地权的适用范围扩大化。征地范围过宽、大量经营性项目借助公权征用土地，是农民权益受到侵害的主要原因。二是征地程序缺乏理性。现行体制下，各级政府出于财政压力、利税动因及政绩效应，其自身利益很容易与企业利益整合，并形成共谋关系，随意启用征地权，而农民缺乏协商机会和谈判能力，其土地权利受到了相当程度的漠视。三是征地补偿过低并被层层截留。在成熟的市场经济国家，征用土地必须按照“公平的市价”对土地所有人给予补偿，其补偿标准的确定既要考虑土地现期的市场价值，也要考虑土地的预期收益；而我国实行征地补偿办法，补偿费虽然存在一定的地区差异，但从全国看，现金形式的补偿标准通常仅在每亩1.5-3.5万元之间。征地补偿截留的问题十分普遍。浙江省的一项调查显示，如果征地成本价为100％，被征用土地的收益分配格局大致是：地方政府占20％-30％，企业占40％-50％，村级组织占25％-30％，农民仅能得到5％-10％。在缺乏合理补偿的同时，政府还基本放弃了对失地农民的社会保障和社会救助责任，使失地农民处境艰难。
（二）土地集体支配，乡村权势阶层在集体土地流转中侵害农民利益。当前农村土地承包关系中的主要矛盾，是集体所有权对农民土地使用权的侵害。村组干部在土地支配上的权力空间过大，土地调整具有很大的随意性，通过土地支配权攫取集体和个人利益、侵害农民利益的现象相当普遍。其主要表现：一是为数不少的地方没有落实“延长土地承包期30年”的政策，二轮土地承包没有进行；二是在土地分配和调整中预留、提取机动地，由村组支配和经营，在收取承包费用取得集体收入的同时，逃避国家税费；三是沿用“两田制”、“返租倒包”等分配办法和经营形式，剥夺农民的承包经营权，集中大量土地采取发包方式经营；四是对农民承包土地的流转进行干预，甚至采取强制方式进行土地流转。
第三，土地法律关系不完善使农民土地财产权利缺乏严格、有效的保护。目前我国规范农村土地关系的法律很多，但缺乏内在的一致性，也存在不确定性甚至自身的矛盾。不同的对象对法律的理解存在较大的差异，法律解释和司法实践中均存在一定的弹性，这事实上造成了多规则并存以供选择的局面。很明显，分散的农民在利益竞争中处于弱势地位，无力抗拒权力、资本以及权力和资本的结合对自身土地财产权利的侵蚀。
建立有利于农民土地财产权利保护的农地产权制度
（一）弱化农村土地集体所有权概念。现代产权理论表明，农村土地财产权利是可以分割的，所有权虽然居于基础性地位，但这种权利与其他权利可以分离，农民的土地使用权作为“权利束”的一个部分是可以独立存在的。从实践上看，改革开放以来，特别是随着近年来我国农村产品交易市场化改革的不断深入和农村税费改革的实施，土地承包合同不再包括产品收购的约定，也不再包括三提五统等农民与乡村分配关系的约定，这使家庭承包经营制度的内涵发生了很大的变化。税费改革也对农村土地制度改革带来了深刻的影响。新的税费制度取消了村级提留和乡镇统筹，从而取消了农民与乡村集体的分配内容。当前，我国农村土地集体所有制的意识形态意义高于其实际的经济意义，但考虑到改变集体所有性质也不具有现实性，因此，在政策、立法和实践中，可以逐步淡化土地所有权概念，着力于农民土地使用权的制度和法律建设，构建以使用权为核心的农民土地财产权利体系。
（二）明确界定农民的土地使用权。一是土地使用权物权化。物权是指权利人对于物所享有的直接占有、使用、收益和处分的权利。在所有权和使用权分离的产权结构中，使用权是一个重要的物权内容。从政策和法律的规定看，目前我国农民对于承包所得土地实际上已经具备了物权含义上的使用权。承包虽然属于合同约定的债权关系，但这种承包关系在形式上已经受到了政策、法律的严格规制，突破了契约关系的范畴，具备物权化的基础。二是土地使用权法定化，即通过法律明确规定农民对已经取得的土地的长期使用权。物权的设立采取法定主义，即物权的种类和基本内容由法律规定，不允许当事人自由创设物权种类或随意确定物权的内容。三是使用权的长期化。通过法律制度赋予农民长期而稳定的土地使用权。使用权的长期化才能形成农地产权的稳定性，而地权的稳定性直接关系到农业绩效和农民利益。
（三）严格限制基层政府和村组集体在土地经营上的寻租行为。赋予农民长期而有保障的土地使用权，已经体现在《农村土地承包法》的立法精神之中。基层政府和村组集体要依法保障农民的土地财产权利，使其合法的使用权、经营权、生产决策权和收益权不受侵蚀。对于农民通过分配取得的土地，政府要发放《土地使用权证》；农村土地流转的主体是农户，农户之间依法、自愿、有偿进行的土地流转和集体组织按照法律、政策规定进行的土地调整，都要依法实施土地变更登记。
（四）改革土地征用制度，尽快建立土地交易制度。基本目标是建立符合市场经济体制和现代法治精神、严格保护耕地、维护农民权益的土地权利交换制度。一是严格界定公益性用地范围，建设用地性质应由同级人民代表大会审核，确定为公益性用地的，才能启动国家征地权。二是对征用土地按市场价格补偿。一定范围内公共利益的实现，其成本应由相应范围内的公民来承担，而不应转嫁给不能享受这种公共利益的其他成员；即使为全社会的公共利益征地，其成本也不能只由农民负担，而应由社会全体成员共同承担。因此，无论出于何种公共利益而必须征用农民的土地，都必须给予农民按市场价格的补偿，并对失地农民的社会保障和救助作出妥善的安排。三是要建立经营性用地的市场交易制度。
（五）推进农民土地使用权长期化的法制建设。农村集体土地家庭承包经营制度在我国已经运行了20多年，实践中积累的经验和暴露出的问题，为完善土地关系立法提供了现实的基础；近年来，学术界和政策研究部门对农村土地集体所有制、农民家庭承包经营形式、农民土地使用权等重要范畴进行了广泛、深入的探讨，对完善土地关系立法提出了不少建议。同时，市场经济国家成功的土地产权制度设计也提供了有益的参照。创新我国的农地产权制度，应依据现代产权经济学理论和建立现代产权制度的要求，尽快建立与农民土地使用权保障相关的各项法律制度。